Uygur Türkçesinde büyük ünlü uyumu bazı istisnai durumlar dışında korunmuştur:
menmençi (bencil), keltürüş (getiriş), ümidlik (ümitli), yerge (yere), kütimiz (bekleyeceğiz), alğan (alan). Alıntı kelimelerde bu uyum pek sağlam değildir: alaqıler (alakalar), tekebburluk (kibar), alimlar, klassiklik (klasiklik), layaqetlik (liyakatli), bankida (bankada). Uygur Türkçesinde büyük ünlü uyumunu bozan en önemli özellik ı ve i için tek harf kullanılmasıdır: béliqlarni (balıkları), qolida (kolunda), qattiqliq (katılık), añlimiğan (anlamamış), qılğanni (yapanı), balilar (çocuklar). Uygur Türkçesinde bazı eklerin tek tip olması da büyük ünlü uyumunu bozar: Uyğurçe (Uygurca), Xenzuçe (Çince), közüñlar (gözünüz), kelseñlar (gelseniz).