Kaynaklarda değişik şekillerde geçen Uygur adının anlamı ve kökeni hakkında çeşitli görüşler vardır. Kaşgarlı Mahmut’un belirttiğine göre; Zulkarneyn Uygur iline yaklaştığında, kendisine karşı koyan Türklerin kıyafetlerini ve savaşçılıktaki ustalıklarını görünce şaşırmış ve onlara “înân hoz horend” (başkasına muhtaç olmadan yaşarlar, avcılığı iyi bilirler) demiştir. Kaşgarlı, “hoz horend” sözünün “hozhor” a, sonra da “Uygur” a dönüştüğünü kaydetmiştir. Ebulgâzi Bahâdır Han, Şecere-i Türk’te Uygur adının, bunlara, Oğuz Kağan tarafından verildiğini ve kelimenin “itaat edici” anlamında olup, “uy-” kökünden geldiğini belirtmiştir., bir rivayete dayanarak, Uygur kelimesinin “birleşenler”, “işbirliği yapanlar” anlamını taşıdığını söylemektedir. Yine da Uygur kelimesinin Türkçede “yapışır, uyar” anlamına geldiğini, dolayısıyla kelimenin “birleşici, birleşen, uyuşan” anlamında olması gerektiğini kaydetmektedir. Prof. Dr. Sultan Mahmut Kaşgarlı da Radloff ve Dr. Rıza Nur’un görüşlerini benimseyerek, kelimenin “birleşen, birleşici, uyuşan” anlamlarına geldiğini söylemektedir. Bu görüşlerden başka, Bacot’a göre kelime “şahin gibi hızlı hücum eden, orman halkı” anlamındadır. Nemeth de kelimenin “takip etmek” ten türemiş olduğunu belirtmektedir. Uygur kelimesinin genellikle, Uy-gur şeklinde geliştiği, “akraba, müttefik” anlamlarını taşıdığı kabul edilmektedir. Hamilton’a göre On Uygur adı da “On Müttefik” demektir.