XX. yüzyılın ilk çeyreğine kadar Arap alfabesini kullanan Uygur Türkleri, bu tarihten sonra siyasi nedenlerden dolayı farklı alfabeler kullanmışlardır. 1925-1930 yılları arasında değiştirilmiş Arap alfabesini kullanan eski Sovyetler Birliğinde yaşayan Uygur Türkleri 1930-1947 yılları arasında Latin alfabesini kullanmışlardır. 1947 yılından sonra ise Kiril alfabesini kullanmaya başlamışlardır.