Bu yaklaşım birçok araştırmacı tarafından savunulmasına rağmen, yaklaşımın karşısında
duran araştırmacılar, dolaylı yaklaşımın temelindeki iki varsayımın söz konusu yaklaşımın
etkililiğini düşürdüğünü ileri sürmektedir. Bunlardan ilki, bilimin doğasının öğrenilmesinin
bilişsel bir öğrenme çıktısı olarak değil duyuşsal bir öğrenme çıktısı olarak algılanmasıdır.
Diğeri ise bilimin doğasının bilimsel süreç becerileriyle fen etkinliklerinde kazanılacak bir yan ürün olarak görülmesidir.