Bütünleştirilmiş program ile ilişkilendirilebilecek bir diğer kuram da çoklu zekâ kuramıdır. Kuramın en bilinen savunucusu Gardner (1990), insan beyninin yapısının modüler bir yapıda olduğunu ieri sürmüştür. Beynin sayısal, görsel, dilsel ve duygusal semboller aracılığıyla çalışarak işlemleri gerçekleştirebildiğini ileri sürmüştür. Gardner’a göre her birey birbirinden farklı düşünür ve eğitim tüm bireylerin farklı zekâ alanlarına hitap edebilecek biçimde düzenlenmelidir. Zekâ çok yönlü bir olgu olup geliştirilebilir bir özellik taşımaktadır. Çoklu zekâ kuramının en temel özelliklerinden biri gerçek yaşam sorunlarını çözmeye ve ürün ortaya koymaya odaklanması olarak ifade edilebilir.