Metafizik terimi bugün yaygın olarak kullanılan anlamını önemli ölçüde ortaçağ felsefecilerinin düşünceleriyle kazanmıştır. Bu dönemden itibaren, aşkın (transandental, müteal) varlığa, tanrısal olana ilişkin düşünme metafizik olarak adlandırılmış; böylece metafizik, teolojiyle ve mistisizmle ilişkili bir kavram halini almıştır.