PPBS program bütçeden daha sonra gelişmiştir. PPBS program bütçeden daha kapsamlıdır ve program bütçeyi daha sistematik hale getirmiş bir sistemdir. PPBS’de planlama ve programlama aşamaları tamamlandıktan sonra, bütçeleme aşaması program bütçe ile yapılır. Dolayısıyla bütçeleme anlamında ikisi de aynı anlama gelmektedir. PPBS toplumsal hizmetlerin ve
ekonomik kaynakların tümü ile ilgilenir. Program bütçe ise kamu fonksiyonlarının programlar olarak nasıl uygulamaya konulacağı üzerinde yoğunlaşır. PPBS planlamaya çok daha fazla oran verirken, program bütçede planlama ya hiç yoktur ya da sistematik değildir.