Program bütçe uygulamasına getirilen eleştiriler de vardır. Öncelikle program bütçenin uygulanması büyük örgütlerde oldukça önemli sorunlar yaratabileceği söylenmektedir. Program bütçede ikinci eleştiri, bir programın birden çok amaca hizmet etme sinde ortaya çıkmaktadır. Üçüncü olarak program bütçenin karar almadaki inisiyatif yasama organı, baskı grupları ve bürokrasi üzerinde alıp daha rasyonel ölçülere dayandırmasıdır. Son olarak program bütçenin kamu kurum yöneticilerini, işi başarmanın alternatif yollarını ve istenen amaca en az maliyetle ulaşmanın yolunu aramaya zorladığı bunun da kaynak kullanımında tasarruf sağlayabileceği söylenmiştir. Bu nedenle cevap E'dir.