Performans bütçe sistemine çeşitli eleştiriler yapılmaktadır. Birinci olarak birçok kamu yöneticisinin performans bütçe kavramından hoşlanmaması ve bu nedenle tekniğin çalışmasının zor olduğu iddia edilmektedir. Çünkü performans bütçe, kamu kurumlarının işletme ayrıntıları, iş yükleri, amaçlara ulaşma dereceleri gibi konuların vergi mükellefleri, yasama organı gibi gözlemcilerin incelemesine olanak sağlamaktadır. İkinci olarak bütçe ödeneklerini onaylayan yasama organı, ilgi alanının harcama kalemlerinden kurum faaliyetlerine kaydırılmasından memnun olmayabilir. Özellikle bütçe gelirleri ve bütçe dengesi gibi faktörlerin dikkate alınmaması yasama organını rahatsız edebilir. Performans bütçe, faaliyetlerin başarılıp başarılmadığına göre kamu yöneticilerinin değerlendirilmesine olanak sağladığı için, bürokratlar tarafından sevilen bir sistem olmaması da üçüncü eleştiri konusu olmaktadır. Dördüncü eleştiri konusu performans bütçe hazırlanmasının, kolayca tahmin edilebileceği gibi, klasik bütçeye göre daha pahalı bir sistem olmasıdır. Yasama ve yürütme organı arasında, her bir kamu kurumunun faaliyetlerinin ne olması gerektiği konusunda düşünce birliği olması gerekir. Eğer böyle bir düşünce birliği yoksa bütçeler üzerinde uzlaşma da zaman alacak ve maliyetli olacaktır. Beşinci eleştiri ise bazı performans ölçülerinin uygun olmaması veya yanıltıcı olması olarak gösterilmektedir. Örneğin yapılan vergi denetimlerinin sayısı bir performans ölçüsü olabilir çünkü kolaylıkla ölçülebilir. Ancak denetim sayısının artması, denetimin niteliğinin arttığı anlamına gelmeyebilir. Ayrıca denetim sayısının artması, toplumsal gereklere yani vergi denetimi örneğinde, vergi kayıp ve kaçaklarını azaltıp azaltmadığı (hatta arttırdığı) da sorun olabilir. Altıncı eleştiri performans ölçüleri kamu yöneticileri tarafından etkilenebilir olmasından kaynaklanmaktadır. Örneğin polis güvenlik hizmetinde yapılan tutuklama sayısı performans ölçüsü ise güvenlik güçleri nispeten daha kolay olaylarla ilgilenerek
tutuklama sayısını arttırabilirler. Son eleştiri ise bazı kamu hizmetlerinden performans bütçeyi tam anlamıyla uygulayabilmek çok zor hatta olanaksızdır. Örneğin savunma hizmeti için ayrılacak bütçe büyüklüğü sorunu, performansa dayalı alınamaz. Savunma hizmeti “hazır bulunma” ve “caydırıcılıkla” ilişkili bir hizmettir. Caydırıcılık stratejisi bir saldırı yokken işler. Ancak hazır bulunmada ise gerçek bir savaş ortamı olmadan performansın ölçülmesi mümkün değildir.