Yeni performans bütçe kamu kurumlarının faaliyetlerinin sonuçlarına bakar ve ona göre değerlendirir.

Bu sistemle ilgili yeteri kadar deneyimin henüz sağlanamamıştır.

Yeni performans bütçe sisteminin kurum odaklı olması ve kurumun faaliyetlerinin sonuçlarını değerlendirmeyi amaçlaması ulusal düzeyde sorun yaratabilir.

Devletin yapmak zorunda olduğu hizmetlerin her zaman çok açık olmaması gibi bir sorun ortaya çıkabilir

Kamu kurumlarının amaçları arasında özellikle yasama organı ve yürütme organı
arasında bir görüş birliği olmadığı zaman sorunlar ortaya çıkabilir.