10 Mart 1993 tarih ve 21520 sayılı Serbest Bölgeler Uygulama Yönetmeliği (Değişik: RG17/08/2002-24849) ile serbest Bölgelerin kurulması, yönetilmesi, işletilmesi ve 3218 sayılı Kanunun 7’nci maddesi ile oluşturulan Özel Hesabı’ın tahsilat ve harcama esasları ile bu Özel Hesaba ilişkin diğer hususlar düzenlenmiştir. Yönetmelik,

• Serbest bölgelerin yönetilmesi ve işletilmesine dair hususları,
• Serbest bölgeler ile ilgili faaliyetlerin tabi olacağı esasları,
• Faaliyet ruhsatının verilmesi veya iptali ile kullanıcıların sınai ve ticari kayıtlarının tutulmasını,
• Serbest bölgelere giriş, çıkış ve serbest bölgede ikamet ile ilgili hususları,
• Serbest bölgelerdeki çalışma esaslarını,
• Özel hesaba yapılacak ödemeler ve gelirlerin tahsilatının tabi olacağı esasları,
• Serbest bölgelerdeki yapı ve tesislerin teşkiline ilişkin esasları,
• Serbest Bölge Müdürlüklerinin çalışma usul ve esaslarını belirlemektedir.