Medreselerin bozulmaya başlamasında birinci sebep, siyasetin ulemaya ve ilmî ortamlara müdahale etmesi ve onları denetim altına alma politikalarıdır. İkinci olarak, ilimlerin bir bütün olarak öğrenilmesinde riyazi (matematik­sel) ilimlere olan ilginin azalması, hatta dışlanmasıdır. Üçüncü bir sebep, medrese içindeki yükseltmelerde hatır, gönül, kayırma ve rüşvetin yaygınlaşması; hak etmeyenlerin itibar ve mevki elde etmeleridir. Dördüncü bir sebep, medreselerde ilmî çalışma yapanların dış dünyaya kapalı kalmaları, özellikle Avrupa’da meydana gelen bilimsel ve teknolojik gelişmeleri takip etmemeleri, çalışmalarını onlarla karşılaştırmamalarıdır. Beşinci bir sebep ise medrese talebeleri arasında baş gösteren disiplinsizlik ve ayaklanmalardır.