Siyasetin ulemaya ve ilmi^ ortamlara müdahale etmesi, onları denetim altına alma politikaları ile pek çok müderrisin, ilmin dediğini değil de idarecilerin/siyasetin dediğini yapmaya yönelmesi.

İlimlerin bir bütün olarak öğrenilmesinde riyazi (matematiksel) ilimlere olan ilginin azalması, hatta dışlanması; mantık, matematik, fizik, astronomi, müzik gibi ilimler üzerine çalışmanın gereksizliği düşünülmesi.

Medrese içindeki yükseltmelerde hatır, gönül, kayırma ve rüşvetin yaygınlaşması; hak etmeyenlerin itibar ve mevki elde etmeleri.

Medreselerde ilmi^ çalışma yapanların dış dünyaya kapalı kalmaları, özellikle Avrupa’da meydana gelen bilimsel ve teknolojik gelişmeleri takip etmemeleri, çalışmalarını onlarla karşılaştırmamaları.

Medrese talebeleri arasında baş gösteren disiplinsizlik ve ayaklanmalar.