Ekolojide yaşam ortamlarına göre sınıflandırma organizmaların yaşamsal faaliyetlerini sürdürdükleri alana göre isimlendirilir. Karasal ekoloji ve sucul ekoloji olarak iki gruba ayrılır. Ekosistem ve populasyon ekolojisi, amaca göre, bitki, mikrobiyal ekoloji organizmaya göre sınıflandırılmaktadır.