Pozitivizmin kurucusu Comte açısından da metafizik, din ya da teolojinin bir uzantısı veya kalıntısından başka bir şey değildir. Onun eleştirisi belli bir ideolojiyi, katışıksız bir bilim ideolojisini yansıtan bir eleştiri olmak durumundadır. Gerçekten de Comte metafiziği entelektüel ilerlemenin tarihindeki bir evre olarak değerlendirmişti. O, bilginin standart örneği olarak ampirik bilimi görmüş, bilimin gözlemlenebilir olgular arasındaki yasalı ilişkileri araştırdığı için güvenilir bir yol gösterici olduğunu kabul etmişti. Bu yüzden, metafiziğin imkânsız olduğunu söyledi. Bunun nedeni, onun gözünde bilginin deneyime dayanması, var olmayan bir alana ilişkin salt akla dayalı bir bilginin yanılsamadan başka bir şey olmamasıdır. İnsan zihninin sadece olgun olmayan bir evresinde ortaya çıkan metafizik düşünüş, Comte’a göre, ilerlemenin önünde bir engel teşkil eder; o, işte bu yüzden yok olmaya veya edilmeye mahkûmdur.