Besinlerde kirlenme; fiziksel, kimyasal ya da biyolojik nedenlerle meydana gelebilir. Fiziksel kirlenme; besin içine taş, toprak, kıl, saç, cam parçası vb maddelerin karışması, kimyasal kirlenme, ilaç, deterjan vb kalıntıları, uygunsuz eklenmiş katkı maddeleri, biyolojik kirlenme de hastalık ya da zehirlenmeye neden olan mikroorganizmalarla bulaşmayı tanımlar.