Fonksiyonel yetki, belli bir konuda uzman olan yöneticiye, uzman olduğu konuyla ilgili olmak üzere, tıpkı komuta yetkisi gibi yaptırım hakkı verir. Ancak bu yetki belli bir görevle sınırlıdır. Bölüm yöneticileri insan kaynakları planlaması, iş analizleri ve iş değerlemesi gibi görevlerini fonksiyonel yetki türüyle insan kaynakları yöneticisine bırakırlar. Böylece, diğer yöneticiler kendi uzmanlık alanlarına daha fazla zaman ayırabilirler ve insan kaynakları planlaması, iş analizleri ve iş değerlemesi gibi görevlerin tek elden yapılması sağlanır.