Bakteri, maya ve küf hücreleri çoğaldığı zaman ve sayıları milyarlara eriştiğinde gözle görülebilen yapılar oluştururlar. Ekmeğin üzerindeki küf, reçelin üzerindeki mayalanma çıplak gözle görülebilir. Bu yapılara koloni adı verilir. Vücutta çıkan sivilce ve çıbanlar da aslında bakteri kolonileridir. Koloni sadece katı ortamda oluşur.