5179 sayılı yasa, gıda kodeksine aykırı durumlarda, aykırılığın niteliğine göre farklı cezalar uygulanmasını öngörmektedir. Uygulanan başlıca cezalar; üretimden men, idari para cezası, savcılığa suç duyurusu, adli para cezası, el koyma ve piyasadan toplama ile imhadır. Bunlardan hangi durumlarda uygulanacağı ise aşağıdaki gibi tanımlanmaktadır:
• İzin ve tescil işlemlerini yaptırmadan üretime geçen ve/veya bu ürünleri mübadele konusu yapan gerçek veya tüzel kişiler; üretimden men edilir, üretilen ürünlere el konulur ve bir milyar lira idari para cezası ile cezalandırılır. Bu işletmelerin, tescil ve izin işlemleri yapıldıktan sonra üretim yapmalarına izin verilir.
• Üretim izni alınmamış gıda ve gıda ile temasta bulunan madde ve malzemeleri satan veya miadı dolmuş gıda maddelerini satan işyerlerindeki ürünlere el konulur ve bu ürünleri satan işyerleri idari para cezası ile cezalandırılır.
• İzin ve tescil işlemlerini yaptıran; ancak, asgarî teknik ve hijyenik şartlarını muhafaza etmeden üretim yapan işyerleri, durumlarını düzeltinceye kadar faaliyetten men edilir, üretilen ürünlere el konulur ve idari para cezası ile cezalandırılır. Bu işletmelere, mevcut durumlarını düzelttikten sonra üretim yapma izni verilir. İlgili mercilerce verilen otuz günlük süre içerisinde, eksikliklerini gidermeyen işyerlerinin çalışmaya esas olan izinleri iptal edilir.
• Kuruluş ve/veya faaliyet izni almadan faaliyete geçen özel gıda kontrol laboratuvarı faaliyetten men edilir ve idari para cezası verilir.
• Sorumlu yönetici istihdam etmeyen işyerlerine, bir milyar lira idari para cezası verilir. Otuz gün içinde, sorumlu yönetici görevlendirmediği takdirde, faaliyetten men edilir. Yöneticilik görevini gereği gibi yerine getirmeyen sorumlu yöneticiye, idari para cezası verilir. Eylemin tekrarı halinde idari para cezası iki kat artırılarak uygulanır. Üçüncü defa tekrarı halinde ise altı ay sorumlu yöneticilikten men cezası verilir. Sağlığın korunması ile ilgili hükümler dışında, gıda kodeksine uygun faaliyet göstermeyen gerçek ve tüzel kişilere idari para cezası verilir. Aykırılık, gıda maddelerinin etiket bilgilerinden kaynaklanıyorsa, etiket bilgileri düzeltilinceye kadar bu gıda maddelerine el konulur.
• Acil durumlarda alınacak tedbirlere uymayan gerçek ve tüzel kişilere idari para cezası verilir. Bu kişilerce ürün piyasadan toplattırılır, eylemin tekrarı halinde idari para cezası iki kat olarak uygulanır.
• İzlenebilirlikle ilgili hükümlere uymayan gerçek ve tüzel kişilere idari para cezası verilir, eylemin tekrarı halinde idari para cezası iki kat artırılarak uygulanır. İşyeri sorumluluğu ile ilgili hükümlere uymayan gerçek ve tüzel kişilere idari para cezası verilir, eylemin tekrarı halinde idari para cezası iki kat olarak uygulanır.
• Sağlığın korunması ile ilgili yasakları ihlâl eden gerçek kişiler veya tüzel kişiliğin yasal temsilcileri, üç aydan altı aya kadar hapis ve ağır para cezasıyla cezalandırılır ve malların müsaderesine hükmolunur. İthalat ve ihracatla ilgili yükümlülükleri yerine getirmeyen gerçek ve tüzel kişilere idari para cezası verilir; ürün, ihracatçısı/ithalatçısı tarafından piyasadan toplattırılır, eylemin bir yıl içinde tekrarı halinde idari para cezası iki kat olarak uygulanır.
• Reklam ve tanıtımlarla ilgili hükümlere aykırı hareket eden gerçek ve tüzel kişilere, idari para cezası verilir, eylemin tekrarı halinde idari para cezası iki kat olarak uygulanır.