Balıklar, Vibrio parahaemolyticus veya Clostridium botulinum’un E tipi sporları ya da Anisakis spp. ve Diphyllobothrium latum gibi patojen bakteri ve parazitleri içerebilir. Bozulmaya neden olan bazı bakteriler histamin üreterek alerjik reaksiyonlara neden olur. Kabuklu deniz ürünleri filtrasyonla beslenmeleri gereği, sulardaki özellikle Norovirüs gibi etkenleri içerebilir veya toksijenik alglere bağlı olarak zehirlenmelere neden olabilir.