Gıda güvenliği tehlikeleri içerisinde özellikle bakteriler ve virüsleri içeren mikrobiyel tehlikeler ön plana çıkar. Örneğin, Vibrio’lar ve Norovirüsler deniz ürünleriyle, Trichinella spiralis domuz etiyle, Salmonella Enteritidis yumurta veya yumurta bazlı ürünlerle, Campylobacter kanatlı etiyle ve Clostridium botulinum konserve gıdalarla ilişkilendirilir.