Yararlı mikroorganizmalar; gıdaların organoleptik özelliğini iyileştirmek, çeşidini arttırmak ve içerdiği patojen mikroorganizmalarla antagonistik ilişkide olmaları için ilave edilir. Yararlı mikroorganizmaların bir kısmı gıda güvenliğinin yanı sıra insan sağlığı için de faydalı olabilir. Bu mikroorganizmalara probiyotik denir. Patojen mikroorganizmalar; gıdalarda bulunması istenmeyen gıda güvenliği ve insan sağlığı için risk teşkil ederek insanlarda infeksiyon ve intoksikasyon oluşumuna neden olan zararlı etkenlerdir. Bozulmaya neden olan mikroorganizmalar; metabolik aktivasyonları sonucunda gıdalarda kokuşma, asitleşme ve acılaşmaya neden olan, insanlarda doğrudan hastalık yapıcı etkisi olmayan saprofit mikroorganizmalardır. İndikatör mikroorganizmalar ise gıdaların üretim ve muhafaza sürecindeki herhangi bir hata ve patojen kontaminasyonunu işaret eden ve genel hijyenik durum hakkında ipucu veren mikroorganizmalardır.