Gıda güvenliği tehlikeleri; biyolojik, kimyasal ve fiziksel tehlikeler olmak üzere üç grupta toplanır. Biyolojik tehlikeler, bakteriler, virüsler, parazitler ve prionlardır. Kimyasal tehlikeler, fungal toksinler, molluskan toksinleri, bitki toksinleri, kalıntı ve bulaşanlardır. Fizikse tehlikeler ise cam, metal, tahta vb.'ni içerir.