5179 sayılı yasa, gıda kodeksine aykırı durumlarda, aykırılığın niteliğine göre farklı cezalar uygulanmasını öngörmektedir. Uygulanan başlıca cezalar; üretimden men, idari para cezası, savcılığa suç duyurusu, adli para cezası, hapis, el koyma ve piyasadan toplama ile imhadır. Sorumlu yönetici istihdam etmeyen işyerlerine, bir milyar lira idari para cezası verilir. Otuz gün içinde, sorumlu yönetici görevlendirmediği takdirde, faaliyetten men edilir. Yöneticilik görevini gereği gibi yerine getirmeyen sorumlu yöneticiye, idari para cezası verilir. Eylemin tekrarı halinde idari para cezası iki kat artırılarak uygulanır. Üçüncü defa tekrarı halinde ise altı ay sorumlu yöneticilikten men cezası verilir. Sağlığın korunması ile ilgili hükümler dışında, gıda kodeksine uygun faaliyet göstermeyen gerçek ve tüzel kişilere idari para cezası verilir. Aykırılık, gıda maddelerinin etiket bilgilerinden kaynaklanıyorsa, etiket bilgileri düzeltilinceye kadar bu gıda maddelerine el konulur.