EFSA 2002’de, 1990’lı yıllarda oluşan gıda ile ilgili krizler sonucunda bilimsel tavsiyelerin bağımsız kaynağı olarak kurulmuştur. EFSA gıda ve yem güvenliği düşünüldüğünde Avrupa Birliğinin risk değerlendirmeler inin temel taşıdır. Avrupa Komisyonu adına Risk Değerlendirmelerinde bulunur. Ulusal Otoriteler ile birlikte çalışarak hiç bir etkiye maruz kalmadan var olan veya ortaya çıkmakta olan riskler konusunda bilimsel tavsiyelerde bulunur. Çalışmalarında şeffaflık esastır.