Gümrük cezalarının uygulanmasında aşağıda sıralanan temel hususlar göz önünde bulundurulur:

• Gümrük cezasının oluşabilmesi için cezaya konu olacak eylemin Gümrük Kanunu’nda yer alması gerekir.

• Gümrük Kanunu hükümlerine aykırı hareket edenlere Gümrük Kanunu’nda yazılı olan ceza hükümleri uygulanır.

• Gümrük Kanunu para cezası gerektiren eylemde, “kast” unsuru bulunup bulunmadığını dikkate almaz. Yani, Kanun hükümlerine göre para cezası verilmesinde ve bu cezaların idari itiraz mercilerince hükme bağlanmasında, para cezasını gerektiren eylemde bulunanların kasıtlı olup olmadıkları aranmaz.

• Gümrük Kanunu’nun vergi kaybına neden olan işlemlere uygulanacak ceza hükümlerine göre ceza tayin eden eylemler hakkında kaçakçılık ve diğer ceza koyan kanunlara göre takibat yapılıp, bu hüküm gereği tayin edilen cezalardan daha ağır bir ceza ile kesin olarak mahkûm edilenler hakkında, ayrıca bu hükümlere göre ceza verilmez.

• Gümrük Kanunu’nun vergi kaybına neden olan işlemlere uygulanacak ceza hükümlerine göre ceza verilmesi, bu eylemleri yapanlar hakkında diğer idari yaptırımların uygulanmasına engel teşkil etmez.

• Gümrük Kanunu’nun vergi kaybına neden olan işlemlere uygulanacak ceza hükümlerine göre, cezalardan birden fazlasına temas eden mahkûmiyetin olması hâllerinde daha ağır ceza içeren madde hükmü uygulanır.

• İdari yaptırıma konu fiilin ceza uygulamasını gerektiren bir fiile ilişkin olması ve zaman aşımı daha uzun bulunan bu fiil nedeniyle ceza davası açılmış olmak kaydıyla, idari yaptırım kararları Türk Ceza Kanunu’ndaki dava ve ceza zaman aşımı süreleri içerisinde uygulanır.

• Gümrük vergileri alacağına bağlı idari para cezalarının zaman aşımı, bu idari para cezalarına ilişkin gümrük vergilerinin zaman aşımına tabidir.

• Gümrük vergileri ile birlikte alınması gereken para cezaları bu vergiler ile aynı zamanda karara bağlanarak tebliğ edilir ve aynı zamanda ödenir.

• Konusu ve yükümlüsünün aynı olması, aralarında maddi veya hukuki yönden bağlılık bulunması şartıyla; birden fazla işleme veya beyannameye ilişkin gümrük vergileri ve para cezalarına tek tahakkuk ve ceza kararı düzenlenebilir.

• 4458 sayılı Gümrük Kanunu uyarınca idari yaptırım kararları gümrük idarelerinin amirleri veya yardımcıları tarafından verilir.

• 4458 sayılı Gümrük Kanunu göre tahsil edilen idari para cezalarının yüzde on beşi nispetinde bir tutar, varsa muayene ve tahlilden önce cezayı gerektiren durumun ortaya çıkarılmasını sağlayacak muhbirlere Gümrük ve Ticaret Bakanlığı bütçesinin ilgili tertibinden ödenir.