Genel ve katma bütçeye dahil kamu kuruluşları ile özel idareler ve belediyeler için yukarıda belirtilen cezalar uygulanmaz. Ancak bu daire ve müesseselerin beyannamelerinde beyan ile muayene ve denetleme neticesinde vergi cezasını gerektirir bir farklılık tespit edildiği takdirde, Gümrük Kanunu gereğince usulsüzlük cezası uygulanır.