Hava kargo taşımacılığında da dezavantajlar mevcuttur. Hava kargo taşımacılığında kullanılan uçakların ağırlık ve hacim sınırları nedeniyle diğer taşıma türlerine oranla daha yüksek taşıma maliyeti ortaya çıkmaktadır. Bunun yanı sıra hava kargo taşımacılığı, her türlü yükün nakli için uygun değildir. Deniz yolu, demir yolu gibi taşımacılık modlarında rahatlıkla taşınan büyük miktarlardaki yüklerin taşınmasında hava kargo taşımacılığı kullanılamamaktadır. Çoğunlukla hava yolu ile nakledilen bir yükün alıcının deposuna iletiminde kara yolunun kullanılması hava yolunun olmadığı durumlarda zorunludur.