Kombine taşımacılığının faydalarından bahsetmişken bu ulaştırma şekli için entegrasyonun da güç olduğundan bahsetmekte fayda vardır. Entegrasyonun sağlanması için bazı engellerin aşılması gerekmektedir. Bunlardan bazıları şu şekilde sıralanabilir: 

• Fiziksel ve bilgi altyapı eksikliği, 

• Standardizasyon eksikliği, 

• Demir yolu taşımacılığında rekabet eksikliği, 

• Entegre hizmet bilgisinin eksikliği, 

• Ekonomik düzenlemeler