HFACS’in olumsuz yanları ise aşağıda sıralanmıştır:

• Yoğun işgücü gerektiren çok sayıda detaylı ve nitelikli veri gerektirmektedir. Bunları her zaman elde etmek mümkün olmayabilir.

• Kullanılabilir veri pek çok kazada olduğu gibi sınırlıdır ve pek çok kaza raporukapsamlı bir analiz için yeterli bilgi içermemektedir.

• İnsan faktörleri bilgisi sınırlı kişilerin kullanması durumunda modelin uygulanmasında da hatalar ortaya çıkacaktır.

• Model genellikle proaktif değil reaktif özellikler taşımaktadır. Eğer kazalar dışındaciddi sonuçları olmayan hata ve ihlaller için de uygulanırsa öneylemci (proaktif) özellikler kazanması mümkündür.

• Kişiler arasında sınıflandırma standardının sağlanması güçtür.