Hava Trafik Yönetimi ile ilgili güvenliği tehdit edebilecek senaryolar aşağıdaki gibi sıralanmaktadır:

– Havada gerçekleşebilecek tehditler

• Terörist faaliyetler
- 9/11 benzeri durumlar
- Sıradan uçak kaçırma
- Uçakta bomba- MANPAD (Man Portable Air Defence System)
- Aniden ortaya çıkan insansız hava araçları/füzeler

• Yasa dışı faaliyetler
- Hava sahasını ihlal etme
- Kurallara uymayan yolcu
- Lazer ışığı tutma

– Altyapılara karşı saldırılar
• Havaalanları, kalabalık terminal bölümleri ve hava tarafı
• ATM/CNS tesisleri
• Kontrol merkezleri

– Siber saldırılar
• Veri işleme sistemleri
• Veritabanları
• Bilgi yönetimi ağları

– Elektromanyetik saldırılar
• Frekans bozma (jamming)
• Sinyal karıştırma
• CNS sistemlerinin sinyallerini yanıltma