MHK analizinin kullanımında işletme yöneticileri alacakları kararlara yönelik yapacakları analizlerde dikkat etmeleri gereken unsurlar söz konusudur. Analiz tekniğinin eksik ve sakıncaları şöyledir:
• Eğer birden fazla hizmet sunuluyorsa, sunulan hizmetlerin hasılat karışımındaki değişikler başabaş noktasında değişmelere neden olabilmektedir.
• MHK analizinde kullanılan değişken ve sabit maliyet sınıflandırılması gerçeği yansıtmayabilir. Bu durum yöneticilerin yanlış kararlar almalarına neden olacaktır.
• Hatalar, talebe bağlı piyasa koşullarının tahmininden kaynaklanabilir.
• MHK analizinde; maliyet, hacim ve kâr ilişkisi doğrusaldır. Ancak gerçekte bu ilişki ya doğrusal bir yapıya sahip değildir ya da birçok işletme için doğrusallığa yakın olabilir.
• Birçok sabit maliyet kalemi yarı değişken özelliği göstermektedir. MHK ilişkisinde ise bu durum genellikle göz ardı edilmektedir.
• Birçok işletme bir hizmetten daha fazla sayıda hizmet sunmaktadır. Bu nedenle de bir hizmet diğer hizmetlerin sunulmasına katkı sağlayacaktır ve bu durum özellikle genel hizmet maliyetlerinin dağıtımında zorlukların ortaya çıkmasına neden olacaktır.