Su kirliliği ile ilgili olarak başlıca sorunlar şunlardır:
-Su kaynaklarının ve havzalarının korunmasında sorunlar yaşanması.
-Su havzalarının yapılaşmaya ve kentleşmeye açılması.
-Yüzey ve yeraltı sularının tarımsal faaliyetlerden, sanayi ve kanalizasyon atıklarından, çöplüklerden vb. nedenlerden kirlenmesi.
-İklim değişikliğine ve küresel ısınmaya bağlı kuraklık (kirleticilerin yoğunlaşmasına neden olur) veya aşırı yağışların (havadaki kirleticilerin yerüstüne getirilmesi, toprakta ve sudaki kirleticilerin doğada taşınması vb.) görülmesi.
-İnsani faaliyetler nedeniyle aşırı su kullanılmasına bağlı olarak yeraltı sularının seviyelerinin düşmesi.
-Yeraltı sularının değişik katmanlardan ve jeolojik yapılardan geçerken bazı kimyasal maddeleri çözerek bünyesine alması.