Hücreler arasında pek çok benzerlik olmasına rağmen çok belirgin farklılıklar da vardır. Genel olarak hücreler genetik madde olan DNA molekülünün içinde bulunduğu bir organel olan çekirdek içerip içermediklerine göre:
1. Çekirdeksiz hücre = Prokaryot (bakteriler ve arkealar) ya da
2. Çekirdekli hücre = Ökaryot (bitkiler, hayvanlar, fungiler, algler ve protozoalar) olarak sınıflandırılırlar.