HDM’nin önemli bir bileşeni olan proteoglikanlar tek bir protein molekülüne bağlı çok sayıda glikozaminoglikan (GAG) zinciri içeren proteinlerdir. GAG’lar çok sayıda negatif yüklü sülfat ve karboksil grupları içerdiğinden hidrofilik moleküllerdir ve bu yüzden su ve katyonların her ikisine de ilgileri vardır. Böylece elastin ve kollajen fibrillerinin gömülü olduğu sulu, jelatinimsi matriksi oluştururlar.