Enantiyomerlerin erime noktası, kaynama noktası, çözünürlük vs. gibi bütün fiziksel özellikleri aynı olduğundan bunları organik bileşiklerin ayrılmasında kullanılan damıtma, ekstraksiyon ve kristallendirme gibi basit ayırma yöntemleri kullanarak ayıramayız. Bu tür karışımları ayırmak için üç yöntem bulunmaktadır.
1. Pasteur yöntemi
2. Enantiyomerleri diastereomere çevirmek
3. Kiral kramatografik yöntem