Kuvvetler ayrılığı ilkesinin doğal bir sonucu olarak ortaya çıkan mahkemelerin bağımsızlığı, mevcut siyasi düzen ve iktidar karşısında hukukun üstünlüğünü sağlamanın da en önemli enstrümanını oluşturmaktadır. Bu itibarla mahkemelerin genel olarak bağımsız olması, sadece adil yargılanma hakkı bakımından değil; genel olarak iktidarın sınırlandırılması ve toplumun hukuk düzenine güvenini sağlamak bakımından da büyük önem arzeder.

Mahkemelerin bağımsızlığının sağlanabilmesi bakımından öngörülen en önemli teminatlardan bi- risi de kanuni hâkim ilkesidir. Anayasa’nın 37. maddesinde güvence altına alınan kanuni hâkim ilkesi, somut bir uyuşmazlığa ilişkin yargılama yapacak mahkemenin kuruluşunun, yetkilerinin ve yargılama usulünün kanunla ve daha bu uyuşmazlık ortaya çıkmadan önce belirlenmiş olması gerekliliğini ifade eder. Bu şekilde sanıkların salt kendileri için kurulmuş, ad hoc nitelikteki (özel) mahkemelerde yargılanmalarının önüne geçilmeye çalışılmıştır. Nitekim olaya ve kişiye özel kurulmuş olmaları dolayısıyla bu tür mahkemelerin bağımsızlığına ve dolaylı olarak tarafsızlığına güven duyulamayacaktır.