Eleştirel siyasal ekonomi, anaakım ekonomi biliminden dört özellik açısından farklılaşır. Golding ve Murdock, bu özellikleri şöyle sıralamaktadır:

1. Eleştirel siyasal ekonomi bütüncüldür. Ekonomiyi ayrı ve uzmanlaşmış bir alan olarak ele almak yerine, ekonomik örgütlenme ile siyasal, toplumsal ve kültürel yaşam arasındaki etkileşimle ilgilenir. Kültür konusunda, özellikle ekonomik dinamiklerin kamusal kültürel anlatımın yayılım alanı ve çeşitliliği ile bunlardan farklı toplumsal grupların yararlanabilirliği üzerindeki etkiyi araştırırlar.
2. Eleştirel siyasal ekonomi tarihseldir. Hem dinamik hem de sorunlu olarak tanımladığı geç kapitalizmin incelenmesi ve betimlenmesiyle ilgilenir. Eleştirel siyasal ekonomi, bu tarihsel konumlanışı nedeniyle zaman ve mekanın tarihsel özelliklerini dikkate almayan yaklaşımlardan farklıdır.
3. Merkezi olarak kapitalist girişim ile devlet müdahalesi arasındaki dengeyle ilgilenir.
4. Adalet, eşitlik, kamu yararı gibi temel ahlaki sorunlarla ilgilenebilmek için verimlilik gibi teknik konuların ötesine gider.