Hz. Osman’ı hedef alan hareket, faaliyetine halife ve valilerinin bazı icraatlarını eleştirmekle başladı. Eleştirilerini giderek Hz. Osman’ın ileri gelen sahâbiler tarafından da tenkid edilen bazı uygulamaları üzerinde yoğunlaştırdı. Bu şikâyet konularına, Hz. Osman’ın istismara müsait pek çok icraatı da ilave edildi. Bu şikâyet konuları propaganda aracı haline getirildi ve insanlar bu önemli hataları işleyen yönetime karşı işbirliği yapmaya çağrıldı. Tarih kaynaklarında, Hz. Osman’ın iç karışıklıklara zemin hazırlayan ve bu isyanın sebepleri olarak gösterilen uygulamaları, şöyle sıralanabilir: Hz. Osman’ın valiliklere ve diğer önemli devlet görevlerine sadece akrabalarını tayin etmesi; onlara veya diğer akrabalarına devlet hazinesinden büyük miktarlarda bağışlarda bulunması; buna karşılık kendisini eleştiren Ebû Zer el-Gifârî, Abdullah b. Mes‘ûd ve Ammâr b. Yâsir gibi ileri gelen sahâbîleri çeşitli şekillerde cezalandırması; bazı sahâbilerin maaşlarını kesmesi veya azaltması; muhacirlerden Kureyş ileri gelenlerinin Medine’den ayrılıp fethedilen bölgelerdeki şehirlere yerleşmelerine ve geride bıraktıkları arazîlerin göç ettikleri yerlerdeki arazilerle değiştirilmesine izin vermesi, oralarda çok miktarda mal mülk edinmelerine göz yumması; bazı sahâbilere fethedilen şehirlerde ikta araziler vermesi; Hz. Peygamber tarafından Tâif’e sürgüne göderilen amcası Hakem b. Ebü’l-Âs’ın Medine’ye dönmesine izin verip onun oğlu Mervan’ı devlet kâtibi olarak görevlendirmesi; Kureyş adına kabilecilik yapan bazı valilere ses çıkarmaması; valilerin yanlış icraatlarına göz yumması ve onlara gereken cezayı vermekten kaçınması; Medine civarındaki bazı arazileri beytülmâl develeri için koruluk haline getirmesi; Hz. Peygamber, Hz. Ebû Bekir ve Hz. Ömer hac esnasında namazları seferi olarak kıldırdıkları halde, halifeliğinin altıncı yılından itibaren Mekke’de namazları mukim olarak kıldırması gibi bazı fıkhî uygulamaları; Hz. Ebû Bekir zamanında Mushaf haline getirilen Kur’an-ı Kerîm nüshasını istinsah ettirdikten sonra, önceki nüsha ve bazı sahâbilerin ellerinde bulunan şahsî nüshaların tamamını imha ettirmesi; Mescid-i Nebevî’yi genişletirken önceden kullanılmayan bazı yapı malzemeleri kullandırması; Hz. Peygamber’den intikal eden hilâfet mührünü Erîs Kuyusu’na düşürmesi.