Sultan Melikşah yanında veziri Nizâmü’l-Mülk ve Bizans elçisi olduğu halde büyük bir ordu ile Isfahân’dan hareket ederek Horasan’a geldi. Ceyhun’u geçerek Buhara’yı ele geçirdi ve ardından Semerkand’ı kuşattı. Bu kuşatma sırasında halkın tutumu, ülkenin içinde bulunduğu bölünmüşlüğü yansıtmakta idi. Şehir halkının bir kısmı Sultan Melikşah’a maddi yardımlarda bulunuyordu ki, bunlar, bürokrat-ulemâ sınıfının nüfuzundaki âyân ya da zengin esnaf zümresi idi. Bir kısım şehir halkı da Han Ahmed’in yanında yer aldı. Ancak, şehri savunmada başarılı olamayan Han Ahmed, şehir halkından birinin evine saklandı. Nihayet, bir ihbar sonucu yakalanarak Isfahan’a gönderildi (1089). Böylece hanedan ve bürokrat-ulemâ sınıfı arasındaki mücadele Batı Türk Hakanlığı’nın Selçuklu hakimiyetine girmesi ile sonuçlandı.