JQM, sayfa geçişleri ve kutuların gösterilmesi için bir dizi hazır geçiş efekti sağlar. Bu efektler sayfa, açılır kutu ya da diyalog kutusunu açacak olan bağlantının data-transition özelliğinde belirlenir. Pop efekti ile sayfa kaybolur ikinci sayfa belirir, flip ile hedef sayfa arkadan öne döndürülür. slideup ile hedef sayfa aşağıdan yukarı doğru kayarak gelir, none etiketi ile efekt kullanılmadan geçiş sağlanır. Flow etiketiyle ise sayfa uzaklaşıp kayar, yeni sayfa gelir.