Bununla birlikte, diğer bir büyük kişilik, Abduh üzerinde derin etkiler bırakacak ve takip etmesi gereken yolu ona gösterecekti. Bu kişi, Cemâleddin Afgâni'ydi. Cemaleddin Mısır'a geldiği zaman etrafına, aralarında Muhammed Abduh'un da bulunduğu birçok öğrenci toplanmıştı. Cemâleddin'in manevî mürşitliği, Abduh'un münzevi bir şekilde yaşamayı terk edip aktif bir insan olmasını sağlamıştı. Giderek gelenekçiliği terk eden Abduh, hepsi de Ezher'in müfredat programının dışında kalan felsefe, matematik, ahlak ve siyaset üzerinde çalıştı. Klasik Arap eserlerini yeni bir bakış açısıyla değerlendirmesine ve Arapçaya çevrilmiş Batılı eserlerden zevk almasına Cemâleddin sebep olmuştu. Afgani, Abduh'ta, milli duygular, özgürlük aşkı ve anayasal sistem düşüncesinin doğmasına yol açmıştı.