Fayda-maliyet analizi, kamu yatırım projelerinde harcamanın boyutunu belirleyebilmek ve diğer alternatif projeler arasında tercih yapabilmek için kamusal karar alma sürecinde uygulanması gereken bir tekniktir. Ancak bu analiz yöntemi oldukça çok sayıda sorunlar içermektedir. Bu sorunlar; hesaplama ile ilgili sorunlar, idareden kaynaklanan sorunlar ve politik süreçten kaynaklanan sorunlardır.

Özellikle piyasanın tam rekabet koşullarından
uzak olması, müdahalelerin gün geçtikçe artması, veri yetersizliği, gölge fiyatlar gibi nedenlerle birçok kamu hizmetinde fayda ve maliyetlerin tam olarak hesaplanamamaktadır. Az gelişmiş ülkelerde istatistik kurumlarının çok iyi teşkilatlanmamış olması ve verileri sağlıklı bir şekilde konjonktürdeki gelişmelere paralel olarak zamanında yayınlayamaması nedeniyle elde yeterli veri olmadığı için hesaplamalarda belirsizliklerin artması söz konusu olmaktadır.