Basra ve Bağdat ekollerini birbirinden ayıran en belirgin fark, Bağdat ekolünün Hz. Ali’ye olan yaklaşımıdır. Onlara göre Hz. Ali, diğer sahabeden üstündür. Onlar Hz. Ali’nin nesline yakın duran siyasi bir tavır belirlemişlerdir. Nitekim Basra ekolüne mensup Mu‘tezilî âlimlerin önemli bir kısmı o günlerde iktidarda bulunan Abbasîler ile sorun yaşamazken, Bağdat ekolüne mensup bazı âlimler, Hz. Ali’nin oğullarını destekledikleri için sıkıntı yaşamışlardır.