Bir işletmenin organizasyon yapısı çeşitli iç ve dış çevre unsurlarından etkilenir. Müşteriler, pazar koşulları, rekabet, devlet müdahalesi, sosyo-kültürel koşullar dışsal faktörlerdendir. Faaliyet konusu, hedefler ve strateji, işletmenin büyüklüğü, personelin niteliği, kullanılan teknoloji, örgüt kültürü ise organizasyon yapısını etkileyen içsel faktörlerdir. Aşağıda bu faktörlerden bazılarına yer verilmiştir.
Hedefler ve strateji: Örgütlerin hedefleri ve onları bu hedeflere ulaştıracak stratejileri ile yapıları arasında karşılıklı ilişki vardır. Dahası bu ilişki dinamiktir ve firma ölçek olarak büyüdükçe ve karmaşıklık arttıkça öngörülen yapı zaman içinde değişir. Maliyet liderliği stratejisini benimseyen bir işletme ile farklılaştırma stratejisini benimseyen işletmelerin organizasyon yapıları da birbirinden farklı olacaktır. İş pozisyonları, bunlara bağlı görev ve sorumluluklar, pozisyonlar arası ilişkiler ve işletmenin organizasyon şeması da işletmenin stratejilerine göre değişecektir. Bir ticaret firması e-ticaret uygulamaya karar verdiğinde satış ve pazarlama ile ilgili faaliyetleri yenilenecektir.
Ölçek: İşletmelerin büyüklükleri ile yapıları arasında ilişki vardır. İşletmeler büyüdükçe yapılar değişir ve karmaşıklık artar. İşletmeler büyümeye paralel olarak basit yapıdan fonksiyonel yapıya, fonksiyonel yapıdan matriks ya da çok bölümlü yapıya evrilirler.
Teknoloji: İşletmelerin etkin ve verimli çalışmaları kullandıkları teknoloji ile yakından ilgilidir. Teknoloji ne kadar karmaşık ise, bunun organizasyon unsurları üzerindeki etkileri de o derece kompleks olur. Bu tür işletmelerde koordinasyonu sağlamak önemli bir iştir. Örneğin ustalık ve sanatkârlık gerektiren el işi deri aksesuarlar üreten küçük bir işletme ile bunların makinelerde kitle halinde üretildiği işletmenin organizasyon yapısı birbirinden farklı olacaktır.