Küçük işletmelerin örgütlenme sorunları vardır. Bunlar arasında;

• Organizasyon yapısının anlamının tam olarak anlaşılamaması

• Organizasyon yapısının ve iş akış şemalarının iyi hazırlanmamış olması

• İşbölümü ve uzmanlaşmada yetersiz kalınması

• Bireyler arasında yetki ve sorumluluk dağılımının dengeli bir şekilde yapılmamış olması

• Sorumlulukla yetkinin çoğunlukla örtüşmemesi

• Kimin neden sorumlu olduğunun net olarak tanımlanmamış olması

• Belgeleme ve arşivleme eksikliği

• Pozisyonların gerektirdiği bilgi ve deneyime sahip çalışanları bulma ya da elde tutmada zorluk çekilmesi

• Bilimsel tekniklere dayalı eleman seçim sistematiklerinin olmayışı; aileye yakın kişilerden yapılan seçimlerde pozisyonun gerektirdiği bilgi ve deneyim gereklerinin aranmaması

• Büyüme ile birlikte ortaya çıkan yapısal değişim ihtiyacının başarılı bir şekilde giderilememesi yer alır.