ERP yazılımı, sağladığı yararların yanı sıra bazı sorunları da beraberinde getirmektedir. Bu yazılım ile ilgili karşılaşılan en önemli sorun, işletmelerin ERP sistemini bir paket program olarak görmeleridir. Sözü edilen sorunun yanında, diğer sorunları da altı ana başlıkta incelemek mümkündür.

• Proje Aşamasında Karşılaşılan Sorunlar
• Danışmanlık Sürecinde Karşılaşılan Sorunlar
• İşgören Uyumsuzluğundan Kaynaklanan Sorunlar
• Faaliyetlerin Uluslararası Düzeyde Gerçekleşmesinden Kaynaklanan Sorunlar
• Uygulamanın Getirdiği Maliyet Artışından Kaynaklanan Sorunlar
• Teknik Destek Yetersizliğinden Kaynaklanan Sorunlar