İşletmeler, ERP sistemlerini maliyet etkinlik değerlendirmesine de tabi tutabilirler. Maliyet etkinlik değerlendirmesi, yapılan harcamalar ile gerçekleşen sonuçlar arasında ilişki kurmayı amaçlar. Etki değerlendirmesinden en önemli farkı, faaliyetlerin etki ve sonuçlarını
değerlendirirken aynı zamanda da maliyet hakkındaki bilgileri dikkate almasıdır.