Tesisin laboratuvar bölümünü oluşturan operasyon odaları, adından da anlaşılabileceği gibi deney hayvanları ile ilgili girişimlerin yapıldığı çeşitli odalardan oluşmaktadır. Bu odalardan her biri hayvanlara yapılacak işleme göre farklı özellik taşımaktadır. Aynı işleve sahip olan odaların sayısı, yeterli personelin var olması, tesisin kapasitesi veya ihtiyaca göre, kuruluş ruhsatında var olmak şartı ile birden fazla sayıda da olabilir. Operasyon odaları ya da genel olarak laboratuvar bölümünde aşağıdaki bölümlerin bulunması gerekmektedir.
• Deney Hayvanı Kabulü ve Karantina Odası
• Basit Girişim Odası • Hayvan Hazırlama Odası
• Soyunma Odası
• Operasyon Odası
• Re animasyon (Uyandırma) Odası
• Post-operatif Bakım Odası
• Yıkama ve Sterilizasyon Odası