Sistem Kontrol Odaları Tesis içerisinde deney hayvanlarının ihtiyaçlarını karşılamak üzere, havalandırma, nem, ısıtma/ soğutma ve aydınlatma işlemlerinin sorunsuz bir şekilde gerçekleştirilebilmesi, güç ünitesi için ayrılmış yeterli alan ile mümkündür. Merkez içerisinde yer alan odalarda ve hayvan barındırılan odalar ya da kafeslerde, hayvanların gereksinimlerini karşılamak üzere havalandırmanın yeterli düzeyde olması gerekmektedir. Havalandırma sistemi, uygun kalitede yeterli taze hava sağlamanın yanında tesis içerisinde çeşitli kaynaklardan oluşabilecek her türlü koku, zehirli gaz, toz ya da enfeksiyona neden olabilecek etmeni, belli sınırların altında tutmada çok önemlidir.